Ассоциация создана 1 марта 2009 года в Санкт-Петербурге на борту легендарного ледокола «Красин» и объединяет более 50 физических и юридических лиц из разных регионов России, занятых в сфере изучения, сохранения и популяризации морского наследия. 18 мая 2012 года на борту учебного парусного судна «Седов» состоялось учредительное собрание некоммерческой организации Ассоциация «Морское наследие: исследуем и сохраним». С этого момента организация приобрела статус юридического лица. По инициативе Ассоциации «Морское наследие» в декабре 2010 г. на заседании Морской коллегии при Правительстве Российской Федерации была создана Межведомственная комиссия по морскому культурному и историческому наследию. Под руководством Председателя комиссии адмирала В.А. Попова на заседаниях комиссии регулярно поднимаются вопросы изучения и сохранения культурного и природного наследия Арктики.
Благодаря деятельности Ассоциации термин «морское наследие» приобрел официальный статус и вошел в текст Морской доктрины Российской Федерации.
Целями деятельности Ассоциации является координация деятельности членов Ассоциации в области сохранения и исследования морского наследия путем обеспечения сохранения морского наследия России, изучения и широкой пропаганды морского наследия России, как части мирового морского наследия (в том числе содействие созданию и организационно-методической поддержке функционирования системы популяризации морской деятельности среди детей и в молодежной среде для мотивации к осознанному выбору морской профессии); формирование единого институционального поля для членов Ассоциации и всех других организаций и граждан, заинтересованных в сохранении, изучении и популяризации морского наследия России, представление общих интересов членов Ассоциации и формирование профессионального сообщества.
В 2014 г. был создан научно-экспедиционный центр Ассоциации, реализующий проект «Открытый Океан: Архипелаги Арктики». Цель проекта – способствовать формированию морской экологической культуры через познание и сбережение природных и исторических ценностей Мирового океана. В 2015–2019 гг. Ассоциацией в рамках проекта «Открытый океан: архипелаги Арктики» было проведено десять экспедиций в Арктику на острова Баренцева и Карского морей с использованием судна «Alter Ego». Впервые в Российской Арктике были осуществлены подводные археологические работы: на Земле Франца-Иосифа обнаружено и обследовано место крушения баркентины «Эйра» – самого северного объекта подводной археологии в мире.
По инициативе Ассоциации учрежден знак «Морское наследие России», который присваивается наиболее выдающимся объектам, связанным с морской историей России. Всего было вручено 15 таких знаков. В 2018 году его удостоилось научно-экспедиционное судно «Михаил Сомов», которое с 1975 г. работает в Арктике и Антарктике.
В 2019 году Ассоциация стала организатором VI Фестиваля ледоколов – уникального морского праздника и туристического бренда Санкт-Петербурга, на котором побывало свыше 30000 человек, увидевших и посетивших ледоколы, интерактивные зоны, творческие площадки.